El trabajo específico de evaluación supone la aplicación sistemática de un método que garantice la planificación, la recogida de información, su tratamiento e interpretación para emitir con rigor y validez un juicio valorativo.
Si el método constituye el instrumento estratégico para determinar el cómo actuar, las herramientas técnicas brindan la panoplia operativa del con qué se va proceder.

La evaluación utiliza herramientas de las ciencias sociales (cuantitativas y cualitativas) y técnicas de la gerencia pública con el fin de llegar al mayor conocimiento sobre la realidad que examina.

El cometido de la Agencia en esta área pretende ser orientador y no dogmático, proporcionando un abanico metodológico para la elección por parte de los evaluadores. Asimismo, se prestará especial atención al desarrollo de nuevas metodologías que permitan un tratamiento más adecuado del ámbito complejo y multidimensional en el que se desarrollan las políticas públicas.

En todo caso, la metodología responderá a las siguientes premisas:

- Superación de cualquier forma de dogmatismo metodológico

- Incorporación, como elemento destacado de la evaluación, de las percepciones, opiniones y valoraciones que tengan las distintas audiencias y actores claves implicados.

- Planteamiento pluralista, manteniendo como horizonte deseable la participación activa de los actores claves.

- Compromiso con la utilización de los resultados de la evaluación, promoviendo las medidas oportunas.